Στις 16 Φεβρουαρίου του 1959 ο Φιντέλ Κάστρο, μετά από την επιτυχημένη επανάσταση, ανέλαβε τη διακυβέρνηση της Κούβας.
Αμέσως έσπευσε να καθησυχάσει τους Αμερικάνους για τις προθέσεις του και δεν ήθελε να έρθει σε ρήξη μαζί τους.
Για 18 μήνες, ο Τσε Γκεβάρα διοικούσε το φρούριο “Λα Καμπάνια”, όπου βρίσκονταν οι αντίπαλοι του προηγούμενου καθεστώτος και οι εγκληματίες πολέμου.
Χιλιάδες εκτελέστηκαν στη “Λα Καμπάνια” και αρκετοί πολιτικοί αντίπαλοι του Τσε Γκεβάρα τον κατηγόρησαν ότι εκτελέστηκαν και αθώοι.
Παρά τη φαινομενική απομάκρυνσή του στο φρούριο, ο Τσε Γκεβάρα παρέμενε στενός συνεργάτης του Κάστρο.
Τον Ιούνιο του 1959 έφυγε στο εξωτερικό. Μετά από μια περιοδεία στην Ασία και την Ευρώπη κατέληξε στη Σοβιετική Ένωση, όπου ήρθε σε συμφωνία με τον πρόεδρο Νικίτα Χρουτσώφ.
Οι Σοβιετικοί θα αγόραζαν το ζαχαροκάλαμο που εξήγαγε η Κούβα και θα τους προμήθευε με πετρέλαιο.
Ως αντάλλαγμα, η Κούβα θα ήταν ένας πιστός σύμμαχός τους εναντίον των Αμερικανών.
Χαρτονόμισμα με την υπογραφή του «Τσε» κάτω αριστερά
Όταν επέστρεψε στην Κούβα, ο Τσε Γκεβάρα πήρε τιμής ένεκεν για την προσφορά του στην επανάσταση, την κουβανική υπηκοότητα και έγινε μέλος της κυβέρνησης του Κάστρο.
Ο Τσε Γκεβάρα στις καλλιέργειες ζαχαροκάλαμων
Ανέλαβε τον τομέα Βιομηχανίας του Εθνικού Ινστιτούτου της Αγροτικής Μεταρρύθμισης και τη διεύθυνση της τράπεζας της Κούβας.
Τα νέα χαρτονομίσματα που εκδόθηκαν έφεραν την υπογραφή του, “Τσε”, για να τονίσει ότι η νέα, ανεξάρτητη Κούβα ήταν πλέον πραγματικότητα. Άσχετος από οικονομικά έκανε εντατικά μαθήματα για να μπορέσει να εφαρμόσει τις ιδέες του.